南京城虽然被攻克，但城中之城，满城尚在旗人士兵的控制中。南京满城是原明朝皇宫旧城，城垣极其坚固，防御工事完备。因为太平天国以民族革命者自居，推行对旗人的无区别杀戮的政策，城中旗人只得与太平军死战到底，因此满城的战斗，惨烈的状况前所未见。杨秀清亲自指挥太平军主力围攻正阳门、朝阳门，数万老兵在炮火的掩护下潮水般冲击满城，城中旗人疯狂反扑，妇女皆上城墙与太平军搏杀，老人孩子也在城墙上呐喊助威。杨秀清连续发动三次强攻。满人阵亡数千人，积尸与城平。洪秀全下令，全城捕杀旗人，“有擒得旗人者，赏银五两”。于是城中的汉人都起来搜捕追杀旗人，旗人两万余人几乎全部被杀，太平天国在付出数万人的惨痛代价后，全面占领南京。