绍兴九年三月,郑亿年回到宋朝,上表待罪,并称在开封获得宋朝祖宗诸后御容五十余轴 [15]。朝廷下旨召其至行在。郑亿年在前往杭州途中经过常州,常州知州王缙当面诘问并羞辱郑亿年,使其惭愧不已 [15]。后来秦桧从亿年处得知此事,罢免了王缙的知州职位,将其贬为提举台州崇道观。
到杭州后,秦桧打算任命郑亿年为显谟阁直学士、提举醴泉观,并参与朝会。参知政事李光得知后于高宗榻前当面指责,迫使秦桧放弃。绍兴九年十二月,李光辞职 [14]。绍兴十年(1140年)正月,郑亿年被任命为资政殿学士、提举醴泉观,位视执政,引发广大非议。时任右正言陈渊上奏反对将郑亿年官复原职 [16],但因为此时给事中、舍人、台谏大都是秦桧一党,所以郑亿年得以恢复在伪朝中的职位 [3],而陈渊也被罢免了言官职位 [17]。
绍兴和议前,郑亿年作为投降派为和议奔走疾呼。绍兴十年五月,金军撕毁和议,大举南侵。同月,郑亿年请求一个外地宫观的职位,于是改任提举亳州明道宫 [3],离开行在。
绍兴十二年五月,郑亿年受召回到行在;六月,郑亿年又被授予提举醴泉观兼侍读的职位。当时,完颜兀术向宋国索取了张中孚、张中彦、郑亿年及一些供职于金国的陕西、河南籍官员的亲属 [18],其中只有郑亿年最终留在南宋 [19]。同年七月十三日,郑亿年兼任永固陵攒宫复按使、武功大夫、荣州刺史 [20],与万俟卨、宋唐卿、李珪等人共同负责为徽宗、郑皇后、邢皇后等人修建陵寝,于同年十一月修葺完毕 [21]。同年十月,郑亿年升任资政殿大学士提举临安府洞霄宫,并赐田二十顷 [22]。这段时期,郑亿年虽然身份尊贵,但并没有实际秉政 [23]。
绍兴二十五年(1155年)十月,秦桧病亡,宋高宗开始清除朝中秦桧余党。同年十二月 [24],郑亿年被贬为建武军节度副使,送往南安军(今江西大余)安置 [2-3],最终死于抚州