虽然在竞标中被淘汰,但BV 141在某些性能上优于Fw 189,因此仍有一线希望能够被德国空军所接受,所以在1940年至1941年间汉堡公司继续对BV 141进行改进。实际上,早在1939年1月BV 141A型开始生产的同时,福格特就着手进行更大的改进,由此产生了BV 141B型,其翼展和机身长度相比A型均增加了2米,引擎更换为动力更强劲的BMW 801A型空冷发动机,输出功率高达1560马力,此外取消了右侧的水平尾翼,以改善后部自卫机枪的射界,但是这项改进使BV 141B型的操纵性能有所下降。首批BV 141B型制造了10架,用于各种测试,因此也被赋予V9~V18的序列号,官方编号为BV 141B-0型。BV 141B-01(V9)于1941年1月9日首飞,在试飞中暴露出严重的结构强度问题,经过改进后的BV 141B-02(V10)于同年6月1日完成试飞。