科技树问题：某些势力只有二级市场或者农场，打下了有三级科技的城市，三级的市场农场无效。本身只有二级市场或者农场科技的势力，灭掉了有三级科技的势力获得了三级科技，自家的二级市场或农场又无效了，也不会自动升级成三级建筑。
兵种问题：戟兵依旧过于强大，100攻击力15000兵力的部队，用技能打50防御力的戟兵伤害1000出头，严重打年糕，而且戟兵还有格挡，更加打年糕了。默认设置的运输部队走4格，有搬运走5格，过渡口走2格，一般距离运个资源要走半年。车队也是一样。对于骑兵的限制导致骑兵基本上属于用不起的状态，用的起没有什么用处，导致骑兵将领基本等于废物。
城关问题：很多相邻城市的距离过于接近或者遥远，导致有时候一出兵就到脸上或者半年都走不到。某些城市的位置非常离谱，比如武昌根本无法防守。很多城市的建筑区位置也过于尴尬。很多城市周边的地形也非常奇葩，防御建筑很难摆。虎牢关周边的地形设计显得虎牢关不像一个关口。江陵防守永安进攻，一个渡口守13年，比钓鱼城守蒙古大军还离谱。绝大多数城市周边的地形都是大开大合，显然违背了三国志11游戏玩法的设计考虑。另外，水军系统也是一直诟病的设计。部队没士气回城训练到满加上补充兵力装备大约需要一年时间。