《新世纪福音战士》中的“第十使徒·空天使”被消灭的原因是：1、体积庞大。2、虽然S2机关具有强大的攻击力，但需要庞大能量作为支持，使徒自己的能量不足以维持这种攻击。3、赤木律子在计算机系统中植入了自爆程序，通过计算机系统的自爆程序将空天使消灭。