通常情况下，如果UU跑腿超时两分钟，可能会根据具体情况而定。如果是因为交通拥堵或其他不可抗力因素导致的超时，可能不会扣除额外费用。但如果是因为UU跑腿员工自身原因导致的超时，可能会根据超时时长和具体服务项目而定，扣除相应的额外费用。建议您联系UU跑腿客服咨询具体情况。