在计算成本差异时，应该将运输途中发生的合理损耗的数量和成本纳入考虑。理论上来说，合理损耗不应该对成本产生影响，因为这是在运输过程中难以避免的一种损失。但是，如果损耗数量较大导致额外的运输费用或其他费用，那么这些费用应该计入成本差异的计算中。因此，在计算成本差异时，应该将合理损耗的数量和费用与预期损耗进行对比，以确定是否需要将额外费用计入成本差异的计算中。