2023年6月，厦门大学团队发表论文《古代基因组揭示中国西南地区新石器时代粟稻混合农业发展中的人类和文化扩散共存》，公布了四川成都高山城遗址的DNA数据。
共有五个古人个体DNA被成功提取。其中，两个古人距今4500-4200年，属于宝墩文化一期；三个古人样本，距今3850-3720年，属于宝墩文化晚期。
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通过对高山城遗址古人的DNA分析，论文认为，高山城遗址古人的成分是由92.1%的从黄河流域迁来的农业古人和7.9%的西南土著狩猎古人混合而成。
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通过对高山城遗址古人的DNA主成分分析，可以发现，高山城遗址古人与黄河上游新石器时代晚期人群（Upper_YR_LN）最接近。
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通过聚类分析，也可以发现，高山城遗址古人与黄河上游新石器时代晚期人群（Upper_YR_LN）最接近。
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通过和其他古人进行关联度对比，可以发现，高山城遗址古人与黄河流域人群关联度最高，例如，与石峁人群的关联度为94.27%，与黄河上游新石器时代晚期人群（Upper_YR_LN）的关联度最高，达96.06%。
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综上，可以认为，高山城遗址古人，主要来自黄河流域。