不一样，大多数DNA碱基都是由一个腺嘌呤碱基和一个胞嘧啶碱基组成，而腺嘌呤碱基比胞嘧啶碱基要大。此外，还有两种非常少的双聚碱基，它们是“2-氨基腺苷”和“2-羟基腺苷”，它们也比单聚碱基要大。有些研究表明DNA碱基的大小会影响细胞的表观遗传学特性。在DNA中，细胞内的某些分子可能会更容易与较大的DNA碱基结合，因此，具有较大的DNA碱基可能有助于影响蛋白质表达。