美剧版结局几十年后，一群火星叛逃者在星门连接的其中一个星系获得了原分子技术，并积累起强大的舰队反攻太阳系并击败了地球火星小行星带，还控制了星门中枢，其他星系殖民地也落入其手。叛逃者成功建立起一个星际帝国，他们的首领为帝。
然而主角团哪里甘心，靠着之前积累下的声望四处奔波串联起反抗军反对皇帝。
最后反抗军费了九牛二虎之力，成功重l创了帝国，用计炸掉了对面的原分子战舰。但此时追求力量的皇帝竟然故意让自己连接了原分子病毒，这举动因此唤醒了毁灭者：就是当初灭了星门建立者的罪魁祸首，而现在它们想把人类也给灭了。虽然不久皇帝就在内斗中便当了，但这中止不了毁灭者想灭亡人类的攻势。
为了让人类存续，主角寻找到了原本已经死去的大侦探和朱莉，他们两人的意识已经与原分子完全融合，被说服后决定用最后博一博：集结其他感染过原分子的人类的思想操作力量，直接永远关闭星门中枢。这样就能困住毁灭者。虽然代价是各星系的人类将互相失去联系，化为一个个孤岛自生自灭，但至少还有活下来的可能希望。
最后的尾声。在星门关闭近千年后，当初艰难幸存下来的人类已经重建文明，并通过自己的努力重新连接上了各地星系。还派了一支船队回到了最初的故乡太阳系。

被吞了？

能出一部电影完结就好了，可惜。

冰火之歌的ZZ博弈真心不如太空无垠腹黑