九寨沟的水是五颜六色的主要原因是由于沟内的矿物质和藻类的作用。九寨沟地处岷山山脉，地质构造活跃，地下水经过长时间的流动，沟内的岩石、泥土等物质中含有大量的矿物质，如铁、钙、镁、硫等，这些矿物质在水中溶解后，反应产生颜色各异的化学物质，形成了九寨沟壮丽的水色。此外，九寨沟的水中还有许多藻类，如蓝藻、绿藻、红藻等，它们在水中生长繁殖，也会对水色产生影响。这些藻类吸收阳光中的光能，进行光合作用时，会释放出各种有机物质，包括色素，这些色素会让水呈现出不同的颜色。因此，九寨沟的水色是由矿物质和藻类共同作用形成的，呈现出五颜六色的壮丽景象。