水稻苗床菌肥的作用是促进水稻的生长发育，增强水稻的抗病能力和适应性。使用方法是将菌肥均匀撒在苗床上，然后覆盖一层土壤，保持湿度，等待发芽。在水稻生长过程中还可适量施用菌肥，以提高产量和品质。