首先，植物和鱼虾蟹不会灭绝
可能灭绝的就是陆地上的动物
在这之中，老鼠和蛇的数量在当前版本下是固定的，天敌、陷阱捕获等等都不会改变这个数量，想灭绝也做不到。
鸡、羊、猪、巨蜥是会灭绝的。
海鸥应该也会，只是因为大家一般住丛林草原神秘谷，海鸥灭绝的情况比较少见
羊和猪只要不过度捕杀还是够用的，何况可以养殖。
而鸡和巨蜥就比较容易灭绝了，因为热带烤鸡和辣炒巨蜥的实用性，以及这两种生物的地理位置和捕食关系，导致住草原的猎人很容易杀光巨蜥，而住神秘谷的弓箭农夫为了获得羽毛鸟骨很容易过度捕猎灰山鹑。
巨蜥初始状态下10天生一头，就算陷坑换着抓羊和巨蜥，这么抓一百天后巨蜥也差不多灭绝了，何况住草原还会遇到巨蜥来袭、探索到巨蜥等情况。
山鹑因为有巨蜥捕食的关系，增长率甚至不如巨蜥。一旦被玩家捕猎了10只以上，增长率就变成负数开始慢慢灭绝。由于神秘谷距离巨蜥和海鸥栖息地太远，一般农夫不会去搞巨蜥，还因为懒的找海鸥而过度捕杀山鹑。再加上下蛋速度的问题，很多玩家是不养雄山鹑的，一两百天后野生山鹑灭绝非常正常。
当然，野生动物灭绝不影响通关，除非你猎人杀光了巨蜥还没做巨蜥皮手鼓。
但如果你对自己的长期档有强迫症，建议注意一下生态平衡。
草原玩家家里装门外面不放肉，减少巨蜥袭击。每十天只用陷坑抓一次巨蜥，才可以持续发展
而神秘谷玩家就比较简单，就算山鹑杀多了，只要养一直雄山鹑在猪圈里，不影响下蛋也可以在将来人工培育种群。