通过荧光显微镜研究观察感兴趣的蛋白质主要有两种方法：通过将荧光蛋白与靶蛋白连接进行观察和借助与目标蛋白特异性结合的荧光标记抗体观察。
荧光蛋白方法是研究活细胞的首选方法。但由于其自身在细胞内有特定的蛋白特征，可能导致功能障碍或干扰影响对目的蛋白质的研究。荧光蛋白包括绿色荧光蛋白（GFP）、YFP、RFP、藻红蛋白（PE）、别藻蓝蛋白（APC）、紫草素叶绿素（PerCP）及各种衍生物质。
荧光标记抗体观察利用抗体对其抗原特异性结合的原理。具体可以分为直接免疫荧光和间接免疫荧光。直接免疫荧光是荧光标记的抗体和目的蛋白质直接结合；间接免疫荧光是目标蛋白质先与未标记的一抗结合，在使用荧光标记的二抗特异性的结合一抗后荧光观察。
星戈瑞荧光2022.8