PROTAC被合成用于MetAP-2的降解,有多种E3连接酶，从E3连接酶SCFB-TRCP开始,逐步发展，及其在PROTAC中的作用。含VHL、CRBN、MDM2和cIAP1 的E3连接酶,都具与其结合的小分子配体。
E3连接酶也存在一些问题,需在 PROTAC设计中加以考虑。使用的cIAP1结合配体存在特异性问题，因其能导致自身降解,该E3使其自身泛素化,从而cIAP1的自我降解。再如，利用含CRBN的E3设计的PROTAC除了降解目标蛋白外，还可同时降解其它蛋白,降解其它蛋白的脱靶效应可能会限制其在PROTAC技术中的应用。
小分子PROTACs 被用于降解多种靶点，如激酶、BET蛋白、激素受体和α-螺旋介导的蛋白-蛋白相互作用靶点。PROTACs ARV-110降解AR和ARV-471降解ER。伴随着PROTAC的发展,少部分E3连接酶应用于开发PROTAC。
瑞禧WFF.2022.7