是的，拆除了，2011年6月30日京沪高铁开通运营，南京南站正式启用，沪汉蓉高速铁路合宁段在亭子山线路所接入联络线到南京南站，与京沪高铁和南京地铁共用南京大胜关长江大桥过江，合宁正线改由南京南站，亭子山线路所至林场站的铁路上下行联络线接驳给宁启线，所以汉口，合肥方向的动车可以在亭子山线路所通过这条联络线到扬州，泰州，南通方向，不停靠南京，仙林站至南京南站的秦淮联络线同时启用，列车可以在沪宁城际仙林站转联络线到南京南站，南京站京沪线普速场到沪宁城际的联络线拆除，从此合宁和南京站没有联系。

联络线还在c2信号机没了