孔雀鱼的三大基本遗传为:
1.「孟德尔法则」=主要为显性，隐性遗传
2.「限性遗传」＝Ｙ染色体的遗体
3.「伴性遗传」＝Ｘ染色体的遗体
F2 马特利蛇王 马特利蛇王
e.【mmXYc】 f.【mmXX】
马特利蛇纹马赛克 马特利蛇纹马赛克
g.【mmXYc】 h.【mmXX】
蛇纹马赛克 ♂ 蛇纹马赛克 ♀
a.【MmXYc】 c.【MmXX】
b.【MMXYc】 d.【MMXX】
蛇王 蛇王
【MmXYc】 【MmXX】
【MMXYc】 【MMXX】
F1 蛇纹马赛克♂ 蛇纹马赛克♀
a.【MmXYc】 c.【MMXX】
b.【MMXYc】 d.【MmXX】
P 蛇纹马赛克♂ 白金马赛克♀
【MMXYc】 【MmXX】
虽然孔雀鱼已经跃升为主角，并且引起贸易进口商极度的兴趣，无视于品质优劣与否，大量引入欧洲、日本孔雀爱好者或俱乐部的孔雀鱼，但是大多数孔雀爱好者，甚至是进口商和贩卖者却对孔雀鱼的基本知识及观念的认识非常贫乏，因此常常发生把观赏用的孔雀鱼当作经过系统维持或品种稳定的孔雀鱼来贩售，因而误导新养孔雀鱼爱好者的观念。基因衰败或基因不明的观赏孔雀鱼，和经过长时间的筛选、作系统维持的孔雀鱼其价值和目的本来就是绝然不同的，唯一相同的可能只有名字(都是叫作孔雀鱼),公开孔雀鱼的公式，其最终目的是，希望让孔雀鱼爱好者能正确清楚地了解纯系孔雀鱼。
现在除了台湾「AF-JAPAN」100多种孔雀鱼之外，其它系统的日系孔雀，东南亚及德国的孔雀都陆续被引进，AF JAPAN的孔雀鱼几乎都是利用基本品系（带限性遗传基因，显性遗传基因的品种）和衍生种所作出，下面就如何用基本品种创作出衍生种来进行叙述。
要做出孔雀鱼的衍生种，并不是[A+B=AB]或[AB-A=B]如此单纯，必须先了解用于交配的孔雀鱼是带何种类型的基因，否则即使作出外型出众的鱼也是无法固定下来。
以下列出目前在市场贩售，且循正统方式作出，属于固定品种的遗传基因类型。
*基本品种A-I---(带限性遗传基因的品种)---能影响身体色泽的表现
蛇王（蕾丝蛇王）[XYC][XLYC](C:COBRA)(LACE)
古老品系[XY(OF)] (OF:OLD FASHION)
维也纳绿宝石[XY(VE)] (VE:VIENNA EMERALD)
白金（黄白金、红白金＝珊瑚）[XYP][XY(CO)](PLATINUM)(C0:CORAL)
金属(全金属)[XYM] (M:METAL)
日本蓝[XYJ] (J:JAPAN BLUE)
*基本品种A-Ⅱ---(带限性遗传基因的品种)---能影响身体色泽的表现
美社莎异数体[XLYPYC]
美社莎正常体[XYPC]
珊瑚美社莎正常体[XY(CO)C]
银河异数体[XCYPYC]
银河正常体[XCYPC]
白金日本蓝异数体[XYPYJ]
圣塔玛莉亚蛇王正常体[XY(SM)C] (SM:SANTA MARIA)
金属蛇王正常体[XYMC]
＊基本品种B-Ⅰ---（带显性基因的品种）----特别对尾鳍的表现有影响
　马赛克
　草尾
　德系黄尾礼服（黄白尾）
　素色尾
＊伴性遗传基因C-I
礼服[XT](T:TUXDEO)
素色尾[XS](S:SOLID)
　蕾丝[XL]
＊体染色体隐性遗传基因D-I----（体色以外的遗体基因）
马特利=[mm](m:material)
＊体染色本隐性遗传基因E-I---（体色遗体基因）
白子[aa] (a:albino)
真红眼[rr] (r:real red eye)
黄化种[gg] (g:golden)
蓝化种[bb] (b:blue)
粉红[pp] (p:pink)
虎斑[tt] (t:tiger)
白化种[ggbb]
虎斑白化种 双重隐性同质接合体[bbtt]
虎斑粉红 双重隐性同质接合体[pptt]
白子粉红 双重隐性同质接合体[aapp]
白子超白 双重隐性同质接合体[aabb]
白子超白 三重隐性同质接合体[aabbgg]
真红眼白子超白 双重隐性同质接合体[bbrr]
真红眼白子超白 三重隐性同质接合体[bbggrr]
孔雀鱼的品种及衍生种是根据上述６种遗传基因的组合所做出，如果再加上 长鳍型，则可以做出上千种基因组合的孔雀鱼。
1.限性遗传基因×是性遗传基因＝[A]×[B]
　如：美社莎马赛克等
2.限性遗传基因×伴性遗传基因＝[A]×[C]
如：白金德系黄尾礼服等
3.隐性遗传基因×限性遗传基因×显性遗传基因＝[E]×[A]×[B]
如：白子美社莎草尾等
4.隐性遗传基因×限性遗传基因×伴性遗传基因＝[E]×[A]×[C]
如：真红眼日本蓝红尾礼服等
5.1、2、3、4的组合再加上体色以外的隐性遗传基因[D]
如：白子马特利蛇王黄尾
要做出孔雀鱼的衍生种，一般的方式都是利用公鱼的限性遗传基因再配合母鱼的隐性、显性、伴性遗传基因，所以若能明确了解用于做出衍生种的公母鱼个体带的限性、伴性、隐性、显性遗传基因，到底位于体染色体或性染色体的XY那一方，如此才能在最短的时间内固定衍生种。
若要作出系统固定的衍生种孔雀鱼，必须以带限性或显性遗传基因的公鱼为基准重复交配，若要更进一步让作出的衍生种孔雀鱼品种安定（体态优美）及固定，就必须重复淘汰同胎母鱼３～４次，并且要重复用于亲代母鱼同一品系的母鱼来当种鱼。
PA(公)×B(母)=F1 F1(公)×B(母)=F1
↓ ↑ ↓
F1(公)×B(母)=F1 F1(公)×B(母)=F
因目标品种及种亲的不同，交配次数也有差异，为了让作出品种的表现形及固定率稳定，在AF JAPAN GP-FM 采行的交配法。
公鱼品种(A)　　 母鱼品种(B)　　　交配次数 作出品种(C)
霓纸礼服(伴隐) 德系黄尾礼服(显伴)1次 天空蓝礼服
蓝草尾(显性) 德系黄尾礼服(显伴)2次 天空蓝礼服
蛇王(限性) 马赛克(显性) 2次 马赛克蛇王
蛇王(限性) 白子红尾(显伴) 3次 白子红尾蛇王
古老品系扇尾(限性)马赛克(显性) 2次 古老品系马赛克
珊瑚双剑(限性) 马赛克(显性) 3次 珊瑚马赛克
珊瑚双剑(限性) 白子红尾(显伴) 2次 白子珊瑚红尾
日本蓝芦圣德(限性)马赛克(显性) 3次 日本蓝马赛克
日本蓝芦圣德(限性)蓝草尾(显性) 4次 日本蓝蓝草尾
白金双剑(限性) 马赛克(显性) 3次 白金马赛克
白金双剑(限性) 德系黄尾礼服(显伴) 4次 白金德系黄尾礼服
金属蛇王(限性) 马赛克(显性) 2次 金属莫斯科
全金属马赛克(限性)蓝草尾(显性) 4次 全金属蓝草尾
半蓝化种（不完全显性遗传基因＝[Bb]）的遗传基因及其品质不完全显性基因就是表现蓝草尾或蓝马赛克等蓝色系的基因。
[BB]＝普通种，[Bb]＝普通种以蓝色表现。
也就是说蓝化种的遗传基因变成异质接合体[Bb]时，就形成不完全显性基因，但白子[aa]或黄化体[gg]等若呈异质接合体[Aa]或[Gg]的基因型态，其个体的表现与普通种无异。
[AA]＝[Aa]　[GG]＝[Gg]　其表现形不变
因此天空蓝礼服生出红尾礼服的个体或蓝草尾生出红色系的草尾是很正常的，因为这些「○○○蓝○○○」都是不完全显性基因的品种。
[Bb][Bb]的交配结果　　[BB][Bb]交配结果　　[BB][bb]交配结果
B b B b B B
BBB Bb BBB Bb bBb Bb
红 蓝 红 蓝 蓝 蓝
bBb bb BBB Bb bBb Bb
蓝蓝化体 红 蓝 蓝 蓝
做出蓝色系的品种有上述３种基因组合方式，需依品咱选择合适的方式。还有，日本蓝的蓝色并不属于不完全显性遗传基因。
日本蓝马赛克[BBXYJ]　(Japan blue)
日本蓝蓝马赛克[BbXYJ]　(Japan blue)
经确定，蓝化种的遗传因除了「不完全显性遗传基因」还有一种
是现今的野生种孔雀所带「隐性遗传基因」[Bb]，为无法表现出蓝色系的蓝化种孔雀鱼。
在日本，日本国产孔雀的爱好者大约有一万人之多，而贩卖日本国产孔雀的水族馆大约有500～700家，其中可以称得上是专卖店的约有10家，这些爱好者乃至于专卖店的老板对孔雀鱼基因100%了解的人也不多，国内也不多，孔雀鱼品种做的成功当数台湾的孔雀鱼爱好者们。尽管许多孔雀爱好者对遗传的知识一点都没有，也能产出那么大量的孔雀鱼，可见得孔雀鱼是生命力很强的热带鱼。在日本，也有些饲养者虽然不懂遗传学，偶而也能做出优良的孔雀鱼，但是却无法作出品质安定的孔雀鱼。
所以，如果只是养着玩玩，不做品系，没必要知道太多，但如果想做漂亮的品种，就必须要了解基本概念。对于孔雀鱼的遗传并不是想像那么难的事，希望各位孔雀鱼爱好者能理解遗传学，进而能做出体态优良安定的孔雀鱼。