再障有先天性和后天性两种。先天性再障，多在几岁内发病，可能与胎儿时期受某些影响发育的因素有关。后天获得性再障，原因不明者称为原发性再障，能查明原因者为继发性再障。后者的致病原因有以下几种。
1. 药物因素有苯及其衍生物甲苯等，细胞毒类药，如6-巯基嘌吟、马利兰、环磷酰胺等;无机砷;抗菌药物中以氯霉素多见，其次为磺胺类药;解热镇痛药，如扑热息痛、保太松;抗甲状腺药，如甲基硫脲嘧啶、他巴唑;抗糖尿病药，如甲苯磺丁脲(D860)、氯磺丙脲;精神安定药，如冬眠灵、利眠宁等;杀虫药，如DDT等。作者近年来发现部分再障病人在病前多次服用过含扑热息痛成分的治感冒成药。可能是致病的原因。
2、电离辐射、X线、γ线或中子，均能影响更新型的细胞组织，破坏DNA和蛋白质。不同种属细胞，对电离辐射敏感不同。骨髓细胞的敏感强弱依次为：红细胞系>粒细胞系>巨核细胞系，对淋巴细胞有溶解作用，浆细胞、网状细胞及原始纤维细胞等非造血细胞较耐照射。
3、生物因素 虽然病毒、细菌、寄生虫都可引起再障，但肝炎后再障引起重视。其机理有的认为肝炎病毒对造血干细胞有直接性损害作用，或用兔疫机制解释。也有学者认为从胚胎发生学上看，肝与骨髓均属于单核-巨噬细胞系统，因此种抑制因子与肝-骨髓有交叉作用。
4.其他 妊娠可并发再障，机理不明，阵发性睡眠性血红蛋白尿(PNH)，其中25%可伴有再障，反之，再障病人也可在病程中发生PNH，若两病并存，称为再障-阵发性睡眠性血红蛋白尿综合征(AA-PNH syndrome)。免疫性疾病，如胸腺瘤，系统性红斑狼疮也可出现再障。