三萜类化合物
在迄今所发现的103种三萜类化合物中，大部分都具有生理活性，具有抗癌、促进肝功能、抗过敏、抗炎止痛之功效。自然界中除灵芝外其他植物很少含有三萜类，广泛的生理活性成分使三萜类逐渐成为灵芝（孢子）品质控制的重要参数。

多糖类化合物
多糖类化合物一度被认为是灵芝中的主要功效成分，并已证明了其抗肿瘤、免疫调节、降血糖、降血脂、抗氧化和抗衰老等生理活性。
灵芝多糖不仅可以恢复老年性免疫功能缺陷，对抗衰老也有重要作用。目前已证明灵芝多糖具有消除氧自由基（O2-）羟自由基（·OH）的作用，自由基增多是衰老的重要原因。
现代科学同样证实了其具有促进骨髓细胞蛋白质与核酸的合成、加速骨髓细胞分裂增殖的作用。

核苷类化合物
核苷类化合物也是灵芝孢子中生理活性较活跃的成分之一，具有抑制血小板凝集，诱导产生干扰素起到镇痛、镇静等药理作用。

有机锗
灵芝有机锗的含量是人参的几十倍。人的身体具有一定的电位，锗元素择优调整不正常电位变正常电位的功能。而癌细胞的发生就会造成身体电位不正常，同时有机锗还能净化血液，改善人体循环系统的功能。

氨基酸
氨基酸是人体的三大生命物质之一，在人体所需的多种氨基酸中，部分可以由人体自身合成，但有些则只能在食物中获取。一旦人体缺乏任何一种氨基酸都有可能导致疾病，灵芝中囊括了人体所需的所有氨基酸。因此，长期服用灵芝的人，不可能因氨基酸的缺乏而致病。

微量元素
现代的医学研究表明，以前所称的“怪病”大多与人体内微量元素缺乏有关，如缺铁引起的贫血，缺氟引起的牙齿疾病，缺钒、钴引起的血液病等等。微量元素需从食物中摄取，但由于地域特点和生活习惯等原因，难以从食物获取所有的微量元素，而灵芝几乎包含了人体所需的所有微量元素，常服灵芝对于预防缺乏微量元素导致的疾病效果极佳。