在冬季，牡丹处于休眠状态，此时进行修剪对牡丹无不良影响，有利于来年牡丹复壮和开花。对油用牡丹进行修剪要遵循“三枝九鼎”，去弱扶壮，即每株留三个主枝，每个主枝留三个侧枝，这样既达到壮苗的效果，又能保证植株的透光通气，以便达到高产的目的。
无论是观赏牡丹，还是油用牡丹，管理及修剪都很重要。修剪到位，牡丹枝条健壮，长势良好。观赏牡丹会更加凸显其观赏价值，油用牡丹则会提高结籽量，增加经济收益。
油用牡丹剪法遵循“三枝九鼎”，去弱扶壮，即每株留三个主枝，每个主枝留三个侧枝，这样既达到壮苗的效果，又能保证植株的透光通气，以便达到高产的目的。
观赏牡丹以透光通气为基础，阳光多则枝条多，以适宜的树型为条件进行修剪。应以先剪后扎，去弯留直，去弱留强（疏芽）。主要有独杆型、直立型、开张型、圆球型和匍匐型等五种树型可作参考。



直立型牡丹一般留3-4枝，去掉枯枝、病枝、徒长枝，疏剪密枝，将主杆枝1/5以下进行抹芽处理，以保证主杆枝的健壮，促进花芽的形成。
开张型牡丹枝条斜立，高可到1.2-1.3m左右。一般10枝以上枝细，容易弯曲。应疏减，去细留粗，保持在6-7枝左右为宜。
圆球型牡丹能看见根部，但顶部状似圆球。一般留6枝左右，去老枝、枯枝、徒长枝，促使枝条多发新枝。
独杆牡丹生长态势好的时候高可达到1m，顶部枝条如伞，亭亭如盖。修剪应去1/3，留2/3。
牡丹芽一般分为顶芽、侧芽和叶芽。
修剪中需注意伤口要齐、圆、平，不应剪成为马蹄形以及确保侧枝和主枝不发生劈叉，伤口整齐可减少蒸发量以及可促进伤口快速愈合，且不会损伤到树体。去掉干枯的叶子，因为枯叶依然需要水分，且蒸发快，所以冬季去除叶片可以让植株充分休眠。叶片的去除应从下往上，避免伤到花芽。