本作是作为该系列正统的第四作发售的作品，游戏的故事将接续第三部《神次元游戏海王星V》，涅普缇努等守护女神们抱着对新的女神充满期望的人是否会忘记她们的不安迎来了游戏业界守护女神的转换期，就在这时涅普缇努与涅普姬雅因一场意外突然从游戏业界消失了，两个人被传送到了称作零次元的崩坏世界，而在零次元最后的守护女神「天王星うずめ」正在一个人孤独的与引导世界走向终结的暴神「ダークメガミ」战斗。超次元的女神与零次元的女神，两个超越次元相遇的女神是否能拯救零次元，在新的零次元的舞台涅普缇努和涅普姬雅的全新的冒险故事拉开了序幕，而本作的故事也正式从这里开始。