锦衣卫另一项著名的职能就是“执掌廷杖”。廷杖是皇帝用来教训违纪的士大夫的一项酷刑。一旦哪位官员触怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反绑双手，押至午门行刑。在那里，司礼监掌印太监和锦衣卫指挥使一左一右，受刑者裹在一个大布里，随着一声“打”字，棍棒就如雨点般落在他的屁股上。行刑者为锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够根据司礼太监和锦衣卫指挥使的暗示准确地掌握受刑人的生死。如果这两人两脚像八字形张开，表示可留杖下人一条活命;反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。杖完之后，还要提起裹着受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此时布中人就算不死，也去了半条命。廷杖之刑对士大夫的肉体和心灵都是极大的损害，但皇帝对此乐此不疲，锦衣卫也就对它情有独钟了。