这是一个很简短的小故事。
这个故事是发生在分支系统学派掌门人Patterson身上的。1978年，Reading大学的教授，同时也是传统进化系统学派的大咖，Halstead教授，炮轰分支系统学派。他说：“按照你们的观点，难道你认为肺鱼与母牛的关系更接近肺鱼与鲑鱼吗？”当场的Patterson冷静而机智地回答到：“Yes.”
这个故事就这样结束了吗？显然没有。

A：副栉龙
B：暴龙
C：孔子鸟
D：寿带
根据形态，暴龙（B）与副栉龙（A）关系最近，而与孔子鸟（C）和寿带（D）关系较远。但是考虑共同祖先，则B、C、D的共同祖先比A和其余分类单元的共同祖先更近。（fig3）。

物种C和D有一个共同祖先a1，D和B有一个共同祖先a2，D和A有一个共同祖先a3，对于这样的客观事实，Henning为系统发育下了一个定义：当物种C和D来自一个共同祖先a1，而a1却不是B的祖先时，那么物种C和D的关系比D和B的关系为近。这个概念是一个相对的概念，衡量系统发育关系程度的标准是共同祖先的近度（recency）

下面让我们来应用一下。我们在A、B、C、D、E、F、G中选出B、C、D、E，它是构成单系？并系？不是多系？第一步先把该类群所有的成负都用数字1标记，非该类群成负有0标记，原始祖先型也用0标记。然后顺时向下追溯，凡遇到祖先只要两个去接的后代是0的都记为0，凡为0和1的则记为b，凡都为1的则记录为1，凡为b和0的则记为0，凡为b和1的为1.（fig6）。

现在回转过来，顺着树向上回溯。消掉所有的b，代之以他们紧接的祖先的标号，如果类群成员组成（标为0）是一次单独衍生的（即沿树向上读，只有一次从0到1）而无反转情况（即沿树向上读没有从1到0），那这个类群就是单系。如果有反转，那就是并系。但按Nelson的定义，该图为复系。如果该类群成员并非一次衍生的（即沿树向上读，有一次以上从0到1），这个类群便是复系的。如fig6中的C，由树基部往上，这个类群的成员是一次单独衍生的，但发生了反转，所以只包括B、C、D、E的类群是并系的。图d则表明只含B、C、D的类群仍是个并系类群，而图e表明只含B、C、D的类群的成员是两次获得的，因而是复系的。
至于单型属，我们只须把这个方法重复使用几次，就可以表明，所有单型属都是单系的。在F-P模型中从一个较大的单系群中除掉一些单系亚群，其结果不是复系而是并系；同样用不同的手法除掉一些亚群，则得到复系。（fig7）。

假如在ABCD这一单系群中，抽出一个单元（如C）或（如B），会得到一个并系群。（fig8）。

而抽出A对其没有影响（fig9）。

早该发这个帖子了，
很多人用系统分类法说话，但是他们只是用亲缘分类谱系，却总用层级分类来读图。
说白了他们其实什么分类法都不是。。。他们自创的分类法而已。。。。

言简意赅！

下面来分析一下之前的案例：

我们分析主龙类，会发现这是一个单系类群（fig10）。
接下来我们踢掉鸟类，分析恐龙和鳄鱼；


显然在fig11中，为并系；而在fig12中，为单系。
那我们再拿掉鳄鱼看看。

显然，a为单系，b为并系。
接下来单独分析兽脚类和鸟。

我们这时候可以显而易见的发现一个事实：
那就是，不论有没有鸟类，兽脚类恐龙都将成为单系类群，而不论有没有兽脚类恐龙，鸟类也都是单系群，这是雷打不动的事实！
没错，这就是系统发育学的事实。我的故事讲到这里也就应该结束了。这或许并不是一个让人能感到放松的故事——我知道现在一定有若干个人在试图反驳我的结论或者其他——或许会让人感到一些稍稍的不愉快。但我认为，在看完这个故事之后，你们能想一些什么，那就是对我最好的鼓励。
哪怕是负面意见也没有关系——你说是吧？（笑）

好帖，支持原创

参考文献：
1.赵铁桥.系统生物学的概念和方法.科学出版社1995
2.E.Mile 生物学思想发展的历史.涂长胜译.四川教育出版社.1990
3.Brundin L.Transantarctic relationships and their significance as evidenced by the chironomid midges with a monograph of the subfamily Podonminae.1966,11:1-472
4.Farris J.s.Formal defitions of paraphyly and polyphyly.1974,23,548_554
5.Nelson G.Paraphyly and polyphyly:redifinition.1971,20,471-472
Platnick N I.Paraphyletic and polyphyletic groups.1977,26,195-200

先马克

恐龙为什么要和扁毛畜牲有关呢

@飞天风神翼龙 求精！

同学老说鸟是始祖鸟进化来的，始祖鸟是恐龙进化来的，鸟就是恐龙，我就常问他们人是古猿进化来的，古猿是猴子进化来的，那人就是猴子喽？