圣石传说是一年多前看的，老剧也是看了好久，所以有些细节记不清了，如果有错误的，欢迎道友指出。
当然，圣石传说中有许多和老剧剧情冲突的地方，最典型的就是青阳子被写死了。这一点上，如果理解为青阳当时是诈死，三传人合作打魔魁之类的冲突问题忽略不计（狂刀由于慕容婵之死，当时正与叶小钗敌对……）大体可以分析出圣石传说发生在正剧中的时间段。
首先，从非善类抓了魔魁这个角度说。创世狂人前几集中魔魁是在被关前最后一次出场，之后可以理解为被三传人合伙打败，而那时的魔魁处于狂暴状态。风起云涌二后期发生魔魁被关，天魔将其放出来的剧情。这可以认为圣石传说是发生于创世狂人早期到风起云涌二后期之间。
其次，创世狂人中期发生剑上卿向素还真求救问题，而那次素还真拒绝了，鸣剑山庄自此在正剧中再无出现。圣石传说解释，正是这次素还真的拒绝导致了鸣剑山庄的覆灭。所以这点上可以认为圣石传说是发生于创世狂人中期到风起云涌二后期之间。
第三，非善类在正剧中的出场是发生于霹雳雷霆阶段，正好在上述时间段之间，不矛盾。
第四，如果说青阳子在圣石传说中被写死是在正剧某集突然消失的内容基础上（上面已经说到理解青阳子在圣石传说中是诈死或者之后被复活之类，暂且忽略这个问题），就应该是发生于江湖血路中期天下园解散事件之后，因为青阳身为天下园一份子，在天下园解散后就消失了（但愿我没记错）。风起云涌二前几集中有认吾师向退隐的青阳子寻求背书情节，而此举恰恰是天下第一人为找到退隐的青阳子而故意做出来的布局，正好可以理解为圣石传说中青阳诈死。在这点上理解为圣石传说发生于江湖血路中期到风起云涌二早期之间。
在这里补述一个这段期间老剧的先后顺序：创世狂人、霹雳雷霆、江湖血路、风起云涌一、风起云涌二
综上所述，个人认为圣石传说发生于江湖血路中期到风起云涌二早期之间，就是可能于风起云涌一期间（更确切的时间就没有了）。至于非善类，这是个bug啊，编剧忘记他们了么……
ps. 时隔一年多，难免有遗漏之类的，有错误欢迎道友指正~
最后要感谢一下@三不问 前辈，劣者这个时间推论是在之前一次前辈与师尊@易水钓士大人 讨论的基础上想出来的，其实好多细节也是看了你们的讨论才想起来……