素问》之名最早见于张仲景《伤寒杂病论·自序》。他说：“撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪》、《药录》。”
迄今1700多年，《素问》之名未曾改变。为什么叫《素问》？林亿、高保衡等人的“新校正”说：“所以名《素问》之义，全元起有说云：“素者本也，问者黄帝问岐伯也。方陈性情之源，五行之本，故曰《素问》。’元起虽有此解，义未甚明。按《乾凿度》云：“夫有形者生于无形，故有太易、有太初、有太始、有太素。太易者，未见气也；太初者，气之始也；太始者，形之始也；太素者，质之始也。’气形质具而苛瘵由是萌生。故黄帝问此太素质之始也。《素问》之名，义或由此。”人是具备气形质的生命体，难免会有小大不同的疾病发生，故以问答形式予以阐明，这就是《素问》本义。隋杨上善整理《内经》，迳称为《黄帝内经太素》是颇有见地的。


《灵枢》最早称《针经》。《灵枢》第一篇《九针十二原》就有“先立《针经》”之语，无疑等于自我介绍。后来又称为《九卷》（见张仲景《伤寒论》序），晋皇甫谧复又称之为《针经》。再后又有《九虚》（见《高丽史书》、《宋志》及林亿引文等）、《九灵》（见《隋志》、《唐志》、《宋志》等）、《黄帝针经》（见《七录》、《隋志》、《唐志》及新罗国、高丽国史书等）等名。《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络”这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰”，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰”，是知《灵枢》即《针经》也。而其他《素问》注中所引《针经》者，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。


《灵枢》名称的演变大略如此，至其命名之义则需具体分析。因其书主要研究针刺问题，故称《针经》；因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。何以称《灵枢》呢？马翃说：“《灵枢》者，正以枢为门户阖辟所系，而灵乃至神至玄之称。此书之切，何以异是？”
张介宾则简言之说：“神灵之枢要，是谓《灵枢》。”这些说法都是以枢机之玄奥为依据的。


《素问》自战国时代成书到齐梁间全元起作《素问训解》时，一直保持九卷的旧制。只是到全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。

王冰认为是“惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之”的缘故。王冰自谓“得先师张公秘本”，“因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷”。由于王冰补入了《天元龘纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷了。从而成了至今行世的《黄帝内经素问》。当然世上还存在有元代胡氏“古林书堂”十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一仍王冰之旧。


至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后却都亡佚了。宋臣林亿、高保衡等校正医书时亦因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧氏所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是现今行世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，现在则都成二十四卷。 元代胡氏“古林书堂”刊本将《灵枢》并为十二卷亦是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少之故。 总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的。史崧改编的二十四卷本《灵枢》也是现存最早和唯一行世的。


如前所述，《黄帝内经》既非一时之作，亦非自一人之手，而是战国以前的许许多多的医学著作的总结。这不仅可以从《素问》、《灵枢》各八十一篇这一点得到证明，而且也可以从《黄帝内经》引用了大量的古文献及《素问》、《灵枢》互引、各篇互引等现象上得到证明。

《黄帝内经》所引的古文献大约有50 余种，其中既有书名而内容又基本保留者有《逆顺五体》、《禁服》、《脉度》、《本藏》、《外揣》、《五色》、《玉机》、《九针之论》、《热论》、《诊经》、《终始》、《经脉》、《天元纪》、《气交变》、《天元正纪》、《针经》等16 种；仅保存零星佚文者，有《刺法》、《本病》、《明堂》、《上经》、《下经》、《大要》、《脉法》、《脉要》等8 种；仅有书名者，有《揆度》、《奇恒》、《奇恒之势》、《比类》、《金匮》、《从容》、《五中》、《五过》、《四德》、《上下经》、《六十首》、《脉变》、《经脉上下篇》、《上下篇》、《针论》、《阴阳》、《阴阳传》、《阴阳之论》、《阴阳十二官相使》、《太始天元册》、《天元册》等29 种。至于用“经言”、“经论”、“论言”或“故曰……”、“所谓……”等方式引用古文献而无法知其书名者亦复不少。 正是由于上述情况，我们才说《黄帝内经》的成书是对我国上古医学的第一次总结，《黄帝内经》是仅存的战国以前医学的集大成之作。