仙剑3的游戏系统比起前两作更为精炼了，事实上游戏学来了让格兰蒂亚游戏大红大紫的战斗系统。这个游戏机制谈不上革命性，但它为回合制战斗带来了更多的深度。基本上每一个动作都需要一段现实时间的等待，比如说：当你跑去砍敌人的同时，敌人也有可能会跑来砍你，从而躲避了这次的攻击。或者你尝试施法，这就需要一段冥想时间，而在这段时间里如果被人攻击，你的冥想就会被打断，直到下个回合你才能继续施法。自然地你也可以利用这点对付敌人，所以战斗的重点就在于时机二字，把握时机最大程度地攻击敌人，最小程度地受到伤害。
魔法系统也是从格兰蒂亚里学来的。使用某个魔法的多少决定了它的等级，但魔法等级越高，施法时间越长，直到你掌握了某个法术，你就不用任何施法时间了。每个角色一开始都能学习固定元素的法术，但也能通过使用某些物品来让他们解锁其他元素的法术。除此之外，你还能使用特技，特技则需要消耗一种特殊的能量值，这个能量值靠被敌人击中获得。
仙剑3比前两作都宏大，游戏里有很多城市可以游玩，地下城也十分复杂和冗长。大量可对话角色，各种各样的可搜集的武器装备让游戏感觉十分精细。前作里简单无聊的地下城设计被各式各样富有气氛、精心设计的复杂场景所取代，探索它们会十分令人愉快。游戏里还有许多有趣的小游戏遍布全作，最有意思的是其中一个“隐秘潜入”游戏——在游戏中有好几次你都需要不被人发现地潜入守卫森严的地区。
游戏还有其它的改进。比如你终于拥有了一个固定的四人小队了。另外一个很酷的设计是“爱情系统”：在每个城市你可以乱逛，这时和你的同伴（大多数情况是女生）对话，她们会向你提问，你的不同回答会引导游戏走向不同的结局。我认识一个中国RPG专家，告诉我说因为他喜欢龙葵，而玩出了一个和我这个雪见党完全不一样的结局。这一个设定让我们有了重玩的动力